اصدر حزب الله بيانا نعى فيه العلامة الشيخ محمد جعفر شمس الدين ،هذا نصه :

بسم الله الرحمن الرحيم
{اذا مات العالم ثلم في الاسلام ثلمة لا يسدها شيء}
الامام الصادق (ع)
لقد رحل عن هذه الدنيا الفانية منتقلا الى عالم الملكوت، سماحة العلامة المجاهد الشيخ محمد جعفر شمس الدين (رحمه الله) بعد عمر امضاه في خدمة الدين والتبليغ ونصرة الحق عالما وكاتبا ومحاضرا وداعيا الى وحدة الصف في مواجهة الاعداء، كما كان له الدور الفاعل والمؤثر في بناء جيل رسالي و مقاوم وهو الذي دعم المقاومة وحماها في كل مواقفه.

ان وفاة هذا العالم الجليل خسارة كبيرة للحوزات العلمية و لأهل العلم والجهاد والمقاومة.

اننا نتقدم بأسمى آيات العزاء والمواساة لمولانا صاحب العصر والزمان (عجل الله فرجه) ولولي امر المسلمين الامام الخامنائي (دام ظله) و لمراجعنا العظام (دام ظلهم) ولسائر اهل العلم وبالأخص عائلته الكريمة وابناءه ومحبيه ونسأل الله تعالى ان يتغمده برحمته الواسعة ويحسن مثواه في جوار الانبياء والصديقين والشهداء وحسن أولئك رفيقا.